南通大学使用的上课软件包括以下几种：

微软正版化软件服务

包括Windows系列软件和Office系列软件，这些软件可以安装于校内实验室、公共计算机房、多媒体阅览室、办公室等教学、科研、管理和服务场所的任何计算机上，授权使用费由学校统一支付。

云课堂

南通大学使用云课堂进行线上教学，教师们可以通过慕课、课堂派、视频会议等多种网络教学模式进行授课。

教学综合信息服务平台

该平台提供学生成绩录入、成绩修改、个人课表查询、教学质量评价查询等功能，方便教师和学生使用。

中国大学慕课（MOOC）

提供国内多所高校的优质课程，适合系统学习，课程免费。

雨课堂

由清华大学和学堂在线共同推出，提供智慧教学解决方案，具备课件制作、名校课程视频资源等功能。

学而思网校直播课堂

好未来教育集团旗下，为3-18岁孩子提供全学科课外教学。

高教在线

面向高校师生、社会学习者的移动在线教学工具，提供国家级、市级优质课程资源。

E-Classroom

阿卡索外教网使用，支持视频通话、文本注释、课程录制等功能。

云朵课堂

提供多种教学模式、在线互动、录播、在线考试和数据分析功能，适合高校在线教学。

WakeUp课程表 、 超级课程表、 掌上课表

这些应用程序帮助大学生进行课程表管理和学习资源获取。

建议教师和学生根据具体需求选择合适的软件，以提高教学和学习效率。